指导意见提出了建立和规范基本药物采购机制的15项主要措施，包括明确以省为单位建立基本药物集中采购“非营利”网上采购系统平台、合理编制基本药物采购计划、加强基本药物市场价格调查、明确基本药物供货主体、坚持质量优先、价格合理、签订基本药物购销合同、建立严格的诚信记录和市场清退制度等。
国务院医改领导小组办公室负责人表示，这一指导意见是根治“药价虚高”顽疾的重要政策，目的是确保采购到的药物安全有效、品质良好、价格合理、供应及时，使群众真正得到实惠。
指导意见直指药价虚高因素
国家统一市场 避免“廉价药断供”
国家基本药物制度已经实施一年多，现在又出台《指导意见》，是因为出现一些新情况。廉价药“消失”是其中之一。指导意见明确对基本药物实行以省（区、市）为单位集中采购、统一配送；坚持政府主导与市场机制相结合，以“国家统一市场统一调配”来解决“药价一降就消失”的问题。合同制下，基本药物一旦出现供应不及时等问题，供货企业将承担巨大违约责任。
探索国家统一定价 避免“随意加价”
指导意见要求，建立基本药物指导价格动态调整机制。价格主管部门动态调整基本药物指导价格水平，指导各地合理确定集中采购价格。对独家品种以及经多次集中采购价格已基本稳定且供应充足的基本药物，要探索实行国家统一定价。各省（区、市）价格主管部门要加强对基本药物价格执行情况的监督检查，依法查处各种价格违法行为。
省级才有权采购 避免“二次议价”
以前，省级招标只确定企业名单，医疗机构普遍存在二次议价。指导意见指出，省级卫生行政部门是本省（区、市）基本药物集中采购的主管部门，负责搭建省级集中采购平台，市（地）及以下不设采购平台，不指定采购机构。这一措施直接针对目前某些地方存在的药品“二次议价”，以及优先采购本地药企高价产品的地方保护主义行为。
过程网上全公开 避免“黑幕交易”
新政策规定，“省级采购平台”是一个网上采购平台，提高交易透明度，基本药物采购价格、数量和中标企业等及时向社会公布，接受社会监督。各省级卫生行政部门必须在采购结束3日内主动向社会公布基层医疗卫生机构基本药物采购价格、采购数量和中标企业，接受社会监督，同时报卫生部备案并抄国务院医改办公室。鼓励新闻媒体等监督，建立有奖举报制度。
压缩流通环节 避免“层层加价”
新政策要求详细调查和掌握基本药物近3年社会零售价格及实际进货价格，原则上集中采购价格不得高于市场实际购销价格； 对价格虚高的基本药物公开招标，通过“双信封”等方式（即在编制标书时分别编制经济技术标书和商务标书，企业同时投两份标书），充分利用市场竞争形成合理采购价格。招标结束后即签订购销合同，最大限度压缩流通环节，减少层层加价的空间；交货验收合格后30天内付款（目前药品回款时间通常在6个月左右甚至更长），大大降低药企流动资金成本，有利于降低药价。
药企黑名单制度 避免“次药充好”
采购环节中，淘汰质量和信誉不符合要求的企业。监管环节中，供货企业要提供样品备案，确保质量。建立“黑名单制度”，一旦出现恶意压低价格、供应质量不达标药品等行为的企业，坚决清除出市场。